У разі виявлення нестачі товарно-матеріальних цінностей, сума компенсації такої нестачі винною особою фактично є компенсацією вартості таких товарно-матеріальних цінностей та включається до бази оподаткування ПДВ.
Якщо особу, винну у нестачі товарно-матеріальних цінностей, не встановлено, та відповідно відшкодування збитків винною особою не відбувається, то платник ПДВ повинен нарахувати податкові зобов’язання з ПДВ згідно з п. 198.5 Податкового кодексу України (далі – ПКУ) виходячи з бази оподаткування, визначеної відповідно до п. 189.1 ПКУ, оскільки такі товарно-матеріальні цінності не можуть бути використані в господарській діяльності платника податку.