В табличной части документа есть колонка СчетУчётаБУ. Возможно она скрыта, тогда нужно установить её видимость - в разных конфигурация это по разному делается. В любом случае поступление товаров делает приход на тот счёт, который указан в самом документе, а не в карточке товара. Счет, указанный в карточке товара, используется только для того, чтобы подставляться в документы при выборе номенклатуры.
Ещё может быть какой-то сбой на 203 счёте, откройте его - там есть субконто "Номенклатура"?