В мене теж були проблеми з підписом "невірний підпис - сертифікат відсутній в реєстрі зареєстрованих сертифікатів"
Вирішив так:
Підпис в мене був від приват банку.
Перейшов за посиланням https://acsk.privatbank.ua/certificates/personal, авторизувався і побочив усі свої підписи.
Далі - відкликав усі, окрім самого нового, та дочекався підтвердженя змін (приблизно доба).
Потім в єлектроному кабінеті зробив запит по заборгованості F1300204
І після цього "Податкова декларацiя платника єдиного податку - фiзичної особи - пiдприємця" була підписана без помилок КЕП