При создании Договора просто выберите другую налоговую:


Договора со второй (третьей, ...) налоговыми заключать необходимо. Процедура создания Договора со второй (третьей, ...) налоговой тоже однотипна в любых программах - указываем при создании Договора другую налоговую, отправляем Договор, получаем подтверждение. При создании 1-ДФ указываем куда ее отправлять (кто получатель копии, а кто - оригинала).