Вам нужно выбрать один из вариантов.
Вариант первый: снимаете этот НДС сами, платите 18грн. штрафа (3%) и, как следствие Вашего непротивления, ждёте подобных просьб каждый месяц. Причем, суммы, предлагаемые к изъятию из НК, будут с каждым разом расти. Затем при очередной проверке по этим НН ещё и Ваши расходы снимут со штрафами.
Вариант второй: предоставляете все документы по этой сделке, твёрдо стоите на той позиции, что сделка реальная, товар получен, а за действия контрагента Вы ответственности не несёте. Пусть пишут акт, выносят НУР, а Вы жалуйтесь на всё это в вышестоящие инстанции. Кстати до НУРа, скорее всего, может и не дойти. А если и дойдёт, то, в случае если судиться не собираетесь, эта дерзость будет стоить Вам 132грн. (сумма разницы между самоначисленными 3% и 25%, которые начислят Вам они). Зато приставать дальше с подобными снятиями будут уже не так охотно, а может и совсем отстанут.
Вот вам для самообороны: