Дата выписки НН и дата возникновения НО

[123456nn]

В платеже он ссылается на счет выписанный.

[Бюгюльмэ]

Поэтому я и советую Вам созвониться с бухгалтером покупателя и согласовать перенос оплаты второго счета в счет отгруженного товара, чтобы не выписывать лишнюю НН и не завышать себе НО.
Если это произошло в пределах одного отчетного месяца и отгрузка по второму счету также состоится в этом же отчетном месяце, то разницы никакой нет, можете выписывать и две НН - одну на отгрузку, одну на оплату. Если же отгрузка по первому счету и оплата по второму счету произошли в одном месяце, а отгрузка по второму счету будет в следующем месяце, то Вы завышаете свои НО, выписывая НН и по отгрузке и по оплате.

[123456nn]

В платежном поручении указывается договор и счет

[Бюгюльмэ]

Позвоните бухгалтеру Вашего покупателя и согласуйте с ним порядок выписки НН по этим счетам.
Или просто поставьте его в известность, что Вы отнесли оплату по второму счету в счет отгруженного товара и выписали одну НН.