Чи буде вважатися дійсною податкова накладна, підписана за допомогою факсиміле?

Ні, не буде.
Згідно з пп. 7.2.6 Закону України «Про податок на додану вартість» підставою для нарахування податкового кредиту є податкова накладна, видана постачальником товарів (послуг), яка оформляється з дотриманням вимог пп. 7.2.1 Закону про ПДВ та Порядку заповнення податкової накладної (далі – Порядок № 165). Зокрема, у п. 18 Порядку № 165 зазначено, що всі складені примірники податкової накладної підписуються особою, уповноваженою платником податку здійснювати поставку товарів (послуг), та скріплюються печаткою такого платника податку - продавця. Податкова накладна не підписується покупцем товарів (послуг) і не скріплюється його печаткою.