В соответствии с п. 102.1 НКУ контролирующий орган, кроме случаев, определенных п. 102.2 НКУ, вправе самостоятельно определить сумму денежных обязательств налогоплательщика в случаях, определенных НКУ, не позднее окончания 1095 дня (2555 дня при проведении проверки контролируемой операции в соответствии ст. 39 НКУ), следующего за последним днем предельного срока подачи налоговой декларации, отчета об использовании доходов (прибыли) неприбыльной организации, определенного п. 133.4 НКУ, и/или предельного срока уплаты денежных обязательств, начисленных контролирующим органом, а если такая налоговая декларация была подана позже, - за днем ее фактического подачи. Если в течение указанного срока контролирующий орган не определяет сумму денежных обязательств, налогоплательщик считается свободным от такого денежного обязательства, а спор относительно такой декларации и/или налогового уведомления не подлежит рассмотрению в административном или судебном порядке.
В случае подачи налогоплательщиком уточняющего расчета к налоговой декларации контролирующий орган имеет право определить сумму налоговых обязательств по такой налоговой декларации в течение 1095 дней со дня подачи уточняющего расчета.
Подпунктом 14.1.39 НКУ определено, что денежное обязательство налогоплательщика - сумма средств, которую налогоплательщик должен уплатить в соответствующий бюджет как налоговое обязательство и/или штрафную (финансовую) санкцию, взимается с налогоплательщика в связи с нарушением им требований налогового законодательства и другого законодательства, контроль за соблюдением которого возложен на контролирующие органы, а также санкции за нарушение законодательства в сфере внешнеэкономической деятельности.
Таким образом, применение контролирующими органами санкций за нарушение законодательства в сфере внешнеэкономической деятельности, в том числе начисление пени за нарушение сроков расчетов, должно осуществляться с учетом срока исковой давности, а именно - 1095 дней.