Несвоевременно зарегистрированную сумму НДС, отмеченную в налоговой накладной (НН), можете включать в состав налогового кредита в налоговой отчетности по НДС за отчетный (налоговый) период, в котором такую НН зарегистрировали. Или любого следующего отчетного (налогового) периода в пределах 1095 к. дн. с даты составления НН.
Соответственно, сумма НДС по такой НН может участвовать в расчете суммы НДС, подлежащей бюджетному возмещению, с периода отражения такой суммы в налоговой отчетности по НДС.