Минфин считает, что порядок действий в указанном случае должен быть прописан в условиях договора.
Первичными документами фиксируется факт осуществления хозяйственной операции по продаже (одной стороной) и приобретению и оприходованию (другой стороной).
Если цена товара, отраженная в первичных документах, отличается от цены, указанной в договоре, то такое расхождение регулируется сторонами в порядке, определенном в договоре, или в соответствии с законодательством.
Письмо Минфина от 18.06.2014 г. № 31-11410-07-27/15328.