Відповідно до п. 102.1 ст. 102 Податкового кодексу України від 02 грудня 2010 року N 2755-VI, зі змінами та доповненнями (далі - ПКУ), контролюючий орган, крім випадків, визначених п. 102.2 ст. 102 ПКУ, має право самостійно визначити суму грошових зобов'язань платника податків у випадках, визначених ПКУ, не пізніше закінчення 1095 дня (2555 дня у разі проведення перевірки контрольованої операції відповідно до ст. 39 ПКУ), що настає за останнім днем граничного строку подання податкової декларації, звіту про використання доходів (прибутків) неприбуткової організації, визначеної п. 133.4 ст. 133 ПКУ, та/або граничного строку сплати грошових зобов'язань, нарахованих контролюючим органом, а якщо така податкова декларація була надана пізніше, - за днем її фактичного подання. Якщо протягом зазначеного строку контролюючий орган не визначає суму грошових зобов'язань, платник податків вважається вільним від такого грошового зобов'язання, а спір стосовно такої декларації та/або податкового повідомлення не підлягає розгляду в адміністративному або судовому порядку.
У разі подання платником податку уточнюючого розрахунку до податкової декларації контролюючий орган має право визначити суму податкових зобов'язань за такою податковою декларацією протягом 1095 днів з дня подання уточнюючого розрахунку.
Згідно з пп. 14.1.162 п. 14.1 ст. 14 ПКУ пеня - сума коштів у вигляді відсотків, нарахованих на суми грошових зобов'язань, не сплачених у встановлені законодавством строки.
Отже, після закінчення встановлених ПКУ строків погашення узгодженого грошового зобов'язання на суму податкового боргу (включаючи суму штрафних санкцій за їх наявності та без урахування суми пені) нараховується пеня без урахування строків давності, визначених п. 102.1 ст. 102 ПКУ.