Самостійне виправлення помилки за податковими накладними, які включені до складу податкового кредиту, але не зареєстровані у ЄРПН, проводиться шляхом коригування реєстру виданих та отриманих податкових накладних методом "сторно", за необхідності - подання уточнюючого розрахунку до податкової декларації з ПДВ за відповідний період на підставі ст. 50 та п. 201.6 ст. 201 Податкового кодексу України.
Методичні рекомендації щодо комплексного відпрацювання платників ПДВ, які формують податковий кредит за податковими накладними, не зареєстрованими у єдиному реєстрі податкових накладних, затверджені наказом Міністерства доходів і зборів України від 29.11.2013 №
724.
Щомісячно на 3-й робочий день після граничного терміну подання звітності платникам, які не подали за звітний місяць реєстри податкових накладних, або які мають, встановлені Системою співставлення, розбіжності між даними реєстру податкових накладних та єдиним реєстром податкових накладних, територіальним органом Міндоходів, направляється інформаційне повідомлення в електронній формі.
Платник податку протягом 10 днів після отримання повідомлення про наявність у реєстрі виданих та отриманих податкових накладних розбіжностей з даними контрагентів має право уточнити податкові зобов'язання без застосування штрафних санкцій (п. 201.6 ст. 201 Податкового кодексу України).
Крім того, платник податків при самостійному виправленні помилок, що містяться у раніше поданій ним податковій декларації, зобов'язаний надіслати уточнюючий розрахунок до такої податкової декларації.
При цьому, розмір штрафу складає 3% (у разі подання уточнюючого розрахунку як самостійного документу) або 5% (у разі відображення суми недоплати у складі декларації наступного періоду) суми недоплати (ст.50 Податкового кодексу України).