По общему правилу, которое следует из п.п. 168.4.3 НКУ, суммы налога на доходы, начисленные обособленным подразделением в пользу физических лиц, за отчетный период перечисляются в соответствующий бюджет по местонахождению такого обособленного подразделения.
В случае если обособленное подразделение не уполномочено начислять (уплачивать) налог на доходы физических лиц за такое обособленное подразделение, все обязанности налогового агента выполняет юрлицо.
ГФС в своей ИНК от 24.05.2018 г. № 2304/6/99-99-13-01-01-15/ІПК, ссылаясь на пп. 7.1. п. 7 Порядка учета плательщиков налогов и сборов, акцентировала: если налогоплательщик имеет собственные или арендованные помещения в разных регионах, в которых работают и получают зарплату наемные работники, то такой налогоплательщик обязан встать на учет в соответствующих регионах и перечислять НДФЛ в соответствующий бюджет по местонахождению таких структурных подразделений.
При этом, если юрлицо не уполномочивало такие подразделения начислять (уплачивать) НДФЛ, то этот налог, начисленный работникам обособленного подразделения, юрлицо перечисляет в бюджет по местонахождению такого обособленного подразделения самостоятельно (ИНК ГФС от 24.05.2018 г. № 2302/6/99-99-13-01-01-15/ІПК).