С дохода работника в виде оплаченной вакцинации налог на доходы не удерживается, поскольку срабатывает освобождение, которое содержится в п.п.165.1.19 НКУ. В нем сказано, что в общий месячный (годовой) налогооблагаемый доход не входят, в частности, средства или стоимость имущества (услуг), предоставляемых как помощь на медобслуживание налогоплательщика за счет его работодателя при наличии подтверждающих документов, кроме расходов, которые компенсируются выплатами из фонда общеобязательного государственного социального медстрахования. К такой помощи относятся, в частности, расходы работодателя на вакцинацию работника, направленную на профилактику заболеваний в период угрозы эпидемии.
Так что нет налога на доходы, не будет и удержание военного сбора. На стоимость прививки начислять единый взнос также не нужно, ведь такие расходы работодателя не относятся к фонду оплаты труда.