Припинення діяльності суб'єкта господарювання (володільця бази персональних даних) здійснюється шляхом його реорганізації (злиття, приєднання, поділу, перетворення) або ліквідації - за рішенням власника (власників) чи уповноважених ним органів, за рішенням інших осіб - засновників суб'єкта господарювання чи їх правонаступників, а у випадках, передбачених законами, - за рішенням суду (стаття 59 Господарського кодексу України). Суб'єкт господарювання ліквідується: за ініціативою осіб, зазначених у частині першій цієї статті; у зв'язку із закінченням строку, на який він створювався, чи у разі досягнення мети, заради якої його було створено; у разі визнання його в установленому порядку банкрутом, крім випадків, передбачених законом; у разі скасування його державної реєстрації у випадках, передбачених законом.
При ліквідації суб'єкта господарювання необхідним є дотримання вимог законодавства України у сфері захисту персональних даних, зокрема в частині виконання обов’язків перед державою, дотримання прав суб’єктів персональних даних, а також дотримання усіх необхідних процедур обробки персональних даних.
Відповідно до частини шостої статті 9 Закону України «Про захист персональних даних» володілець бази персональних даних зобов'язаний повідомляти уповноважений державний орган з питань захисту персональних даних (Державну службу України з питань захисту персональних даних (ДСЗПД)) про кожну зміну відомостей, необхідних для реєстрації відповідної бази, не пізніш як протягом десяти робочих днів з дня настання такої зміни. Під час процедури ліквідації суб'єкта господарювання та у разі припинення ним всіх дій з обробки персональних даних у базах персональних даних володільцю бази персональних даних необхідно повідомити ДСЗПД про припинення функціонування бази персональних даних шляхом надсилання Заяви про внесення змін до відомостей Державного реєстру баз персональних даних, форма якої затверджена наказом Міністерства юстиції України від 08.07.2011 №1824/5.
По закінченню процесів обробки персональних даних персональні дані підлягають знищенню або передачі в архів.
Відповідно до вимог статті 15 Закону України «Про захист персональних даних» персональні дані в базах персональних даних знищуються в порядку, встановленому відповідно до вимог закону. Персональні дані в базах персональних даних підлягають знищенню у разі припинення правовідносин між суб'єктом персональних даних та володільцем чи розпорядником бази, якщо інше не передбачено законом.
Про знищення персональних даних володілець бази персональних даних протягом десяти робочих днів повідомляє суб’єкта персональних даних, а також суб’єктів відносин, пов’язаних із персональними даними, яким ці дані було передано (стаття 21 Закону України «Про захист персональних даних»).
Відповідно до пункту 1.7. Типового порядку обробки персональних даних у базах персональних даних, затвердженого наказом Міністерства юстиції України від 30.12.2011 №3659/5, володілець бази персональних зберігає персональні дані у строк не більше, ніж це необхідно відповідно до мети їх обробки, якщо інше не передбачено законодавством. Знищення персональних даних здійснюється у спосіб, що виключає подальшу можливість поновлення таких даних.
Важливим етапом в процесі ліквідації суб'єкта господарювання є передача необхідних для зберігання баз персональних даних в архів.
Відповідно до статті 32 Закону України «Про Національний архівний фонд та архівні установи» у разі ліквідації юридичних осіб (приватної форми власності) ліквідаційні комісії зобов'язані забезпечити збереженість їх архівних документів і за погодженням із центральним органом виконавчої влади у сфері архівної справи і діловодства або уповноваженою ним архівною установою визначити місце подальшого зберігання архівних документів цих юридичних осіб (усі первинні документи, регістри бухгалтерського обліку, бухгалтерську звітність та інші документи, пов'язані з обчисленням і сплатою податків і зборів (обов'язкових платежів) за період 1095 днів, що передують даті останньої господарської операції, - протягом трьох років з дня здачі в архів, документи про нарахування та виплату заробітної плати найманим працівникам - протягом сімдесяти років). Таким місцем зберігання можуть бути архівні установи, система яких визначена зазначеним Законом.
У разі ліквідації або реорганізації органів державної влади, органів місцевого самоврядування, державних і комунальних підприємств, установ та організацій документи, що нагромадилися за час їх діяльності, передаються ліквідаційною комісією (ліквідатором) правонаступникам у порядку, встановленому центральним органом виконавчої влади у сфері архівної справи і діловодства, із збереженням відповідної форми власності на зазначені документи, а у випадках відсутності правонаступників - відповідним державним архівним установам або іншим місцевим архівним установам (стаття 31 Закону України «Про Національний архівний фонд та архівні установи»).
При цьому слід зазначити, що у випадку ліквідації володільця бази персональних даних його база персональних даних стає частиною загальної бази персональних даних архівної установи. Тобто, нова база персональних даних суб’єкта господарювання не утворюється.
У випадку передачі персональних даних в архівні установи суб’єкти персональних даних мають бути повідомлені про факт такої передачі та про зміну мети обробки їх персональних даних.