Чи зобов’язаний підприємець – платник єдиного податку, не зареєстрований як платник ПДВ, сплачувати податок на додану вартість при ввезенні товарів на митну територію України?

Так, зобов’язаний.
Згідно з пп. 3.1.2 п. 3.1 ст. 3 Закону України від 03.04.97 № 168/97-ВР «Про податок на додану вартість» об’єктом оподаткування є операції ввезення (пересилання) товарів на митну територію України.
Згідно п. 2.4. ст. 2 Закону № 168 платником ПДВ є будь-яка особа, що імпортує товари (супутні послуги) на митну територію України для їх використання або споживання на митній території України, незалежно від того, який режим оподаткування вона використовує згідно із законодавством.
Для осіб, які імпортують товари (супутні послуги) на митну територію України для їх використання або споживання на митній території України, незалежно від того, який режим оподаткування вони використовують згідно із законодавством, передбачено обов'язковість сплати податку на додану вартість під час перетину товарами (предметами) митного кордону України.
Зазначене питання розглядалось у листі ДПА України від 28.09.2006 № 5115/А/16-1415.