Уплатили вы все верно. Действительно, согласно НКУ и Порядку № 569*:
* Порядок электронного администрирования НДС, утвержденный постановлением КМУ от 16.10.2014 г. № 569.
— доплату налога по УР (значение гр. 6 стр. 18 УР) осуществляют с НДС-счета (пп. 2001.2, 2001.6 НКУ);
— штрафные санкции («самоштраф» и пеня) уплачиваются напрямую в бюджет с текущего счета (п. 25 Порядка № 569).
Причем согласно п.п. «а» п. 50.1 НКУ уплатить сумму недоплаты и «самоштраф» 3 % нужно до подачи УР. Это означает следующее: сумму недоплаты нужно обеспечить на НДС-счете на момент подачи УР. А вот «самоштраф» нужно заплатить до подачи УР.
Судя из вопроса, плательщик все сделал «в срок». Но почему же тогда могла появиться недоимка по УР? На самом деле, ее появление, скорее всего, связано с тем, что:
— списание денег по УР с НДС-счета происходит не сразу. Ведь согласно п. 2001.6 НКУ и п. 20 Порядка № 569 при получении УР на увеличение налоговых обязательств фискалы должны направить Госказначейству корректирующий реестр на списание средств с НДС-счета. На основании такого реестра Госказначейство перечисляет суммы налога в бюджет. Поэтому раньше, чем эти реестры будут сформированы и направлены Госказначейству, деньги с НДС-счета списаны быть не могут;
Согласно п. 20 Порядка № 569 налоговики, получив от плательщика «увеличивающие» УР, должны направить Госказначейству корректирующие реестры не позднее следующего рабочего дня.
— тогда как п. 50.1 НКУ требует, чтобы недоплата по УР была уплачена до подачи УР. И видимо, у фискалов все автоматизировано так, что, не увидев оплату по «увеличивающему» УР на момент его принятия (а ее и невозможно увидеть, так как деньги с НДС-счета могут быть списаны только после подачи УР), программа сразу выдает недоимку .
То есть появление недоимки связано с разрывом во времени между подачей УР и списанием денег с НДС-счета.
Но! На самом деле ведь никакой недоимки (налогового долга) в нашем случае (когда плательщик обеспечил деньги в срок на НДС-счете / уплатил вовремя «самоштраф» в бюджет) нет. Ее появление временно. И если она появилась, то, после того как деньги будут списаны с НДС-счета, должна и исчезнуть. И как показывает практика, так и происходит !
Причем обратим внимание: на списание денег с НДС-счета по УР плательщик повлиять не может. Его задача — обеспечить вовремя деньги на НДС-счета. Кроме того, п. 40 подразд. 2 разд. ХХ НКУ предусматривает освобождение плательщика НДС от каких-либо штрафов, если деньги с НДС-счета не были списаны вовремя Госказначейством.
То есть «реальная» недоимка может возникнуть только в том случае, если плательщик не обеспечил на дату подачи УР деньги на НДС-счете, или не заплатил до подачи УР сумму «самоштрафа» и пеню (если таковая имеется) в бюджет с текущего счета.